«Православная энциклопедия» является специализированным справочным изданием, ставящим перед собой две задачи: 1) дать всеобъемлющую информацию по двухтысячелетней истории и современному состоянию вселенского Православия; 2) ознакомить читателя с др. христианскими конфессиями, нехристианскими религиями, а также с явлениями науки, культуры, философии, искусства, политики, так или иначе связанными с религией. Особое внимание Энциклопедия уделяет церковной жизни в XX в., сведения о которой практически отсутствуют в справочной литературе.
Священное Писание, священная история и библеистика представлены статьями о лицах, названных в Библии, географии и археологии Святой земли, библейском богословии, библейских кодексах, ересях, связанных с толкованием Библии, а также статьями о крупнейших экзегетах. Святоотеческое наследие рассмотрено в статьях, посвященных отцам и учителям Церкви. Значительное место в Энциклопедии уделяется понятиям православного догматического, основного, нравственного и пастырского богословия, а также религиозной философии, раскрытым в трудах крупнейших богословов, представителей классической и русской религиозной философии. Широко освещаются основные вопросы церковного права, история дисциплины, персоналии; большое внимание уделено отношениям Церкви и государства, вопросам государства и права и их соотнесению с православным мировоззрением, правовым аспектам семьи и брака. Статьи по литургике освещают историю христианского богослужения, различия между местными богослужебными традициями, описывают литургические термины, виды богослужебных текстов и литургические письменные памятники, богослужебную утварь и облачения, а также развитие литургической науки. В статьях по церковной музыке рассказывается о типах песнопений, распевах, музыкальных терминах, авторах песнопений, теоретиках церковной музыки, исследователях, исполнителях и педагогах, даны обзоры певческих традиций Востока и Запада, певческих книг, музыкальных и музыкально-теоретических памятников и их изданий, систем нотации, церковных хоров. Статьи по церковному искусству посвящены вопросам иконографии, иконописания, церковной архитектуры, а также дают представление об отдельных выдающихся иконописцах, архитекторах и светских живописцах, обращавшихся в своем творчестве к христианским темам.

Агиографические статьи Энциклопедии посвящены святым, входящим в современный Месяцеслов РПЦ, в Месяцесловы др. поместных православных Церквей, а также мученикам, подвижникам и др. святым, память о которых может быть восстановлена на основе древних источников. Эти источники делятся на несколько типов, отмеченных в статьях следующими сокращениями: пам. зап.– памяти святых, почитавшихся в древности в Зап. Церкви (до XI в.); пам. греч.– памяти, содержащиеся в византийских и греческих источниках, в т. ч. новомучеников; пам. вост. (сир., арм., копт.) – памяти почитавшихся на христианском Востоке древних святых, которые сохранились в сирийских, арабских, коптских, эфиопских и др. источниках, восходящих к эпохе единства Вселенской Церкви (до сер. V в.). Дни памяти святых, указываемые в начале статьи, приводятся не только в соответствии с современной богослужебной практикой РПЦ (такие даты стоят на первом месте), но и согласно традициям, отраженным в древних памятниках др. Церквей.

В Энциклопедии подробно описывается Русская Православная Церковь. Отдельные статьи посвящены общерусским и местночтимым святым, а также новомученикам и исповедникам XX в., выдающимся архиереям, церковным ученым, педагогам, писателям, проповедникам, миссионерам. Дана информация обо всех административных, учебных и просветительских центрах РПЦ: епархиях, викариатствах, духовных школах, миссионерских центрах, а также о большинстве монастырей, существовавших за всю историю Русской Церкви. Особое внимание уделено памятникам церковной письменности, зодчества и искусства. Подробно изложены история и современное положение церковно-государственных отношений, религиозная политика глав государства в разные периоды.